2001年12月24-25日教育部在北京理工大学召开示范性软件学院第一次工作会议，布置软件学院工作。教育部副部长吕福源同志到会讲话，国家计委社会发展司李守信副司长、教育部高教司张尧学司长分别就软件学院成立的有关背景、国家政策发表讲话。全国35所高校校领导或软件学院负责人参加了会议。会议期间还分组对软件学院的办学模式与运行机制、课程设置、招生与学籍管理进行了讨论。会上，吕部长进一步阐述了软件学院成立的背景，提出了软件学院建设发展的主要任务，要求大家共同努力把示范性软件学院办好。同时吕部长也多次提到办软件学院面临的巨大困难。他说：软件学院是多维的，有很多的问题，有很大风险，成败都是可能的。软件学院绝对是一个巨大的系统工程。
