2004年度，国家教育部把教育信息化作为工作重点之一，南开大学更是把教育信息化放到议事日程上，启动“数字南开园”工程，推动教育信息化建设。在教育信息化的建设中，软件学院充分发挥对高等教育、教学的业务优势，以及在软件系统设计开发上的无可争议的特长，积极承担学校教育信息化建设项目，为学校信息化加砖添瓦。
软件学院成立两年来所进行的教育信息化建设项目包括：
1、“南开大学教学教务系统”设计开发。
该系统的主持人程仁洪教授主持主持开发了第一版系统，目前正在进行升级开发。2004年1月15日，软件学院与教务处签订了项目协议；
2、“南开大学研究生培养与学位管理系统”设计开发。
经过长期的调研、论证，2004年1页16日。研究院与软件学院签订项目合作协议。目前项目的开发进入实质性阶段。该系统覆盖了研究生教学、教务、思想政治工作多个方面，是我校研究生教育、教学管理的里程碑性工作。3月中旬，部分功能投入运行。
3、 “高等学校教育教学评价系统”。
该系统充分分析了高校教学评价的需求与特点，建立了一套B/S结构的教学评价系统，实现了教学评价体系的普适与个性（不同学科评价）的要求，实现了教学评价结果的多层次、多侧面的分析，为发现教学中的问题，改进教学，提高教学质量提供科学依据。该系统已经开发完毕，并集成到“教学教务管理系统”中，与其他管理、教学环节紧密衔接。
4、“教学活动与教室资源管理查询系统”。
该系统与“教学教务管理系统”连接，直接获取每个学期的教学活动安排，提供多途径、多线索的课程查询、任课教师查询、教室状态查询，极大地方便教学工作的实施 ，教学监督工作的进行，提高教室资源的利用率。该系统的一个简化版本已经在南开大学主楼使用两年。
5、网络教学平台建设。
2004年2月，软件学院与全球最大的网络教学平台提供商BlackBoard公司签订合作协议，共同推进教育教学软件技术的研究开发、网络教学的推广应用。BlackBoard公司与学院共同建立教育软件技术联合实验室，BlackBoard将提供师资培训、部分软件平台和项目支持，协助南开大学使之成为Blackboard在中国的第一家授权教育和培训中心；双方合作搭建网络教学平台，共同建设网络教学课程；同时，基于南开大学软件学院多年建设教务管理系统的成功经验，双方将在产品方面采取捆绑销售方式的进行合作；BlackBorad公司设立奖教金，用以奖励学院在开发、应用网络教学平台相关工作中表现突出的教师、教学管理人员。
6、承担“云南师范大学教学教务管理系统”设计开发，为“手拉手”计划作贡献。
2003年7月，软件学院受学校委托出访云南师范大学，就开展“手拉手”项目合作与云南师范大学领导洽谈，签订项目合作协议。目前该项目开发第一阶段告一段落，3月20日在云南师范大学投入运行。3月24日，该系统将作为南开大学与云南师范大学世界银行贷款“手拉手”合作计划的示范项目接收教育部领导、专家的检验。
在3月19日在北京召开的首届中国教育信息化大会上，软件学院将携带自己的五个教育教学信息化系统参加展出，并有研究论文在大会上进行交流。
